فیلم پادشاهی مخفی روایت ماجرای اسرارآمیزی است که برای خواهر و برادری به نام‌های وریتی و پیتر که به ترتیب 9 و 12 سال دارند، اتفاق می‌افتد. داستان از این قرار است که وریتی و پیتر توسط یک سری موجودات رازآلود به سوی یک دنیای پنهانی هدایت می‌شوند که اتفاقا در اتاق خوابشان قرار دارد. حال آن‌ها باید ماموریت مهمی را که بر دوششان قرار گرفته است، به نحو احسن به سرانجام برسانند و ...

زمانی که پسر بچه ای به نام جیک ، به صورت تصادفی و از طریق آزمایشات، دوست جدیدی برای خود ایجاد می کند، شهر را هرج و مرج و وحشت فرا میگیرد. با موجودی که روز به روز و با سرعت زیاد، در حال رشدن کردن است، مخفی کردن این راز و نگه داشتن این دایناسور به عنوان حیوان خانگی سخت می باشد. دوستان جیک و دختر جدید ابوئی متوجه می شوند که آن ها تنها کسانی نیستند که علاقه مند به این دایناسور کمی عجیب و غم انگیز هستند و به زودی کشف می کنند که تنها چیزی که مرموزتر از آن است، این است که چه کسی آن را دنبال می کند ...